Équipements en génomique

Le PromethION-24

Le PromethION-24 est un séquenceur très haut débit également proposé par ONT. Il permet de faire fonctionner jusqu’à 24 flow cells simultanément, avec dans chaque flow cell 3000 nanopores fonctionnant en parallèle et permettant d’atteindre un rendement de 100 à 200 Gb de données par flow cell selon les applications (pour un séquençage de 72h et une vitesse de 420 bases/sec). La capacité des flow cell PromethION est environ 6 fois plus importante que celle de la flow cell MinION.

Plusieurs applications possibles : séquençage de larges génomes (humain, souris, …), multiplexage d’un large nombre de microorganismes et de séquence ciblés, transcriptomes entiers…

Le scanner iScan

L’iScan est un système d’imagerie optique haute résolution exploitant deux lasers confocaux rouge et vert. Cet équipement permet d’avoir un haut débit de scan des puces de hautes densités pour des analyses génétiques telles que le génotypage et la méthylation.

L’iScan permet :

• Acquisition et visualisation des images
• Extraction et enregistrement des données d’intensité pour des applications d’analyses spécifiques

Le bras robotisé Autoloader2

L’autoloader2 est un bras robotisé permettant de charger automatiquement les racks contenant les lames au moment du scan. Cet équipement peut traiter jusqu’à 48 racks de 4 puces.

L’automate Tecan Freedom EVO 150-Illumina

Deux automates Tecan Freedom EVO 150 dédiés exclusivement aux expériences de puces Illumina sont disponibles sur la plateforme. Un  robot dans la pièce « Pré-Amplification » et un deuxième en pièce « Post-Amplification » permettant une automatisation de la plupart des étapes du protocole de génotypage et d’analyse de méthylation par la technologie infinium. Ces automates sont contrôlés par un logiciel Illumina Automation control sur lequel sont implémentés des programmes offrant ainsi une grande robustesse et reproductibilité des résultats.

Les accessoires Illumina

Ces petits équipements regroupent des accessoires nécessaires aux étapes d’incubation, séchage, homogénéisation, hybridation, scellage et lavages, décrites dans le protocole infinium d’Illumina.