Les analyses  LC-MS/MS de la plateforme sont réalisées sur l’ensemble nanoElute / timsTOF Pro de Bruker.

Le timsTOF Pro possède 2 modules de mobilité ionique placées en série, le premier permettant le piégeage des peptides élués sur 100 ms pendant que le deuxième assure la séparation en mobilité ionique des peptides préalablement piégés. La rapidité du qTOF en aval de la mobilité ionique est exploité par la technologie PASEF qui permet une fréquence d’analyse MS/MS d’environ 100 Hz.

Il en résulte une analyse plus exhaustive (duty cycle = 100 %) et plus résolutive des peptides (séparation supplémentaire des peptides selon la mobilité ionique) ainsi qu’une sensibilité plus élevée.

La nanoElute est une UHPLC permettant des séparations reproductibles des peptides. Le couplage avec le timsTOF Pro se fait par l’intermédiaire de la Captive Spray, un système de confinement du spray au plus près de l’entrée du spectromètre de masse et permettant un gain en sensibilité.

Caractéristiques techniques

  • gamme d’analyse MS : 200-1700 m/z
  • Résolution MS et MS/MS : 40000
  • durée d’un cycle d’acquisition : 1,2 sec composé d’une acquisition MS (100 ms) et de 10 scans PASEF successifs (maximum 10 précurseurs par scan PASEF)
  • gamme dynamique de quantification : 4 logs
  • nombre de protéines identifiées
  • avec 200 ng de digest HeLa : environ 5000 protéines
  • Avec 10 ng de digest HeLa : environ 1800 protéines
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