Les puces à ADN :

Genotyping and methylation analysis of the entire genome is performed using Illumina’s Infinium chip technology. This technology offers a better compromise in terms of reagent cost, processing time, number of samples and analysis coverage.

An important part of the genotyping and methylation analysis process is standardized and automated, providing robustness and reproducibility of results. The benefits are a simultaneous analysis of several samples from small amount of DNA, generated data easier to analyze and acompatibility with formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples.

Catalog of available chips:
https://emea.illumina.com/products/by-type/microarray-kits.html

Le séquençage ONT :

La plateforme P3S propose des prestations de séquençages de lectures longues sur des molécules natives d’ADN ou d’ARN avec la technologie commercialisée par Oxford Nanopore Technologies (ONT). Cette technologie est la seule capable de séquencer des molécules natives, sans amplification préalable par PCR et sans étape d’étiquetage chimique. Ainsi, les modifications présentes sur les acides nucléiques sont conservées et analysables, telle que la méthylation des acides nucléiques, utile pour les études épigénétiques.

En fonction des projets, le séquençage nécessitera soit l’utilisation du séquenceur MinION Mk1C soit du séquenceur PromethION 24 de la plateforme. Le séquenceur MinION de faible débit sera utilisé préférablement pour le séquençage de petits génomes (virus, bactéries, parasites) ou pour d’autres applications nécessitant peu de données. À l’inverse le séquenceur très haut débit PromethION 24 (ONT) permet des analyses d’une plus grande profondeur, adaptée notamment au séquençage du génome humain.